Dans une fermentation discontinue typique, une solution riche en nutriments est ajoutée, les micro-organismes sont inoculés et rien d’autre n'est ajouté, à l’exception de l’oxygène (de nombreux micro-organismes utilisés dans les processus biotechnologiques sont aérobies) et d’un agent antimousse. Dans ce type de fermenteur, les conditions de fermentation varient en raison de l’accumulation des déchets et de la multiplication des micro-organismes.
Des vitamines, des minéraux, des acides aminés gras et, selon le type de bactéries, des facteurs de croissance peuvent être ajoutés au cours du processus. Un agent antimousse est également ajouté pour contrôler l’excès de bulles, et le mélange est agité pour faire entrer l’oxygène et sortir le dioxyde de carbone et pour bien mélanger les nutriments. Pour une meilleure performance, cette opération est effectuée à température constante. Les réactions chimiques et mécaniques (agitation) qui se produisent à l’intérieur d’un fermenteur ajoutent de la chaleur au système et si cette chaleur ajoutée n’est pas compensée, les cellules peuvent mourir ou cesser de produire, c’est pourquoi un système de refroidissement est nécessaire et doit être contrôlé par un système de contrôle approprié.
Les processus de fermentation sont normalement contrôlés par des systèmes de type PLC qui contrôlent automatiquement le pH, la température, les niveaux d’oxygène, l’agitation, etc.
Les problèmes les plus courants liés à la fermentation sont les contaminations en cours de processus, dues à une stérilisation inadéquate ou à une perte de stérilisation au cours du processus. L’utilisation de systèmes fiables et performants garantit les conditions d’une production sûre et de qualité.